主殿分為前殿、拜殿、正殿，雙護龍格局，前方恭設天公爐香亭、鐘鼓樓；後殿追本溯源保持原來質樸樣貌，僅於週邊做局部修繕。

傳統木造結構閩南建築風格，全殿由多個重簷複合式屋頂組成，氣勢恢宏、高低錯落有致，後方正殿為最高殿堂。前殿、拜殿、正殿正脊分立雙龍護塔、雙龍搶珠、福祿壽三仙；左右廂各立南極星輝、麻姑獻壽。金黃琉璃瓦灑落一片藍天綠林中，燕尾翹脊，泥塑剪黏五彩繽紛，建築裝飾多元豐富，雕樑畫棟，斗栱巧妙組合，木雕石刻、楹門對聯，將傳統廟宇建築藝術發揮得淋離盡緻。

在傳統技藝不斷流失、木石建材取得不易的今天，南山福德宮 在土地公 的庇蔭下，管委會齊心協力克服萬難，堅持為台灣留下集傳統廟宇技藝之大成的殿堂，千秋百世永流傳。